أسس مكتب جمارك حضرموت الوادي والصحراء سيئون عام 1998/ أما سابقا فكان ً يسمى جمرك سيئون وهو من الجمارك القديمة جداً وكان يتبع مكتب جمارك حضرموت المكلا.
أما موقعه :
فيقع على شارع مطار سيئون الدولي وبالضبط جنوب غرب مدخل المطار وله مدخلان : واحد من الناحية الشرقية والآخر من الناحية الجنوبية على شارع المطار الرئيسي ويقوم حالياً بترقيم السيارات الجديدة سبع سنين من سنة الصنع حسب التعريفة الجمركية 41 لعام 2005م وكذلك جميع العربات التي يتم القبض عليها من الجهات الأمنية وإرسالها إليه بموجب قانون الجمارك رقم 12 لعام 1990م بالإضافة لإشرافه ومسؤليته جمرك مطار سيئون الدولي وجمرك منفذ الوديعة بحكم موقعهما في نطاق الوادي والصحراء ، وأما عمل الجمارك بشكل عام هو تقديم كلفة التسهيلات للمصدرين والمستوردين وفقاً لأحكام قانون الجمارك أو بموجب اتفاقيات أو قوانين أخرى كقانون الاستثمار وغيره .